Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου και εμβληματικά σύμβολα του μινωικού πολιτισμού, τα δύο περίφημα αγαλματίδια που είναι γνωστά ως «Θεές των Όφεων» αποτελούν έξοχα δείγματα της μινωικής μικροπλαστικής. Τα αγαλματίδια ανήκουν σε ένα σύνολο που περιλαμβάνει τμήματα από συνολικά έξι ή επτά παρόμοια ειδώλια και θεωρείται ότι απεικονίζουν τη χθόνια μινωική θεά των όφεων. Μαζί με άλλα αντικείμενα θρησκευτικού ή τελετουργικού χαρακτήρα χρησιμοποιούνταν στο κεντρικό ιερό του ανακτόρου της Κνωσού, ένα οργανωμένο συγκρότημα χώρων λατρευτικού χαρακτήρα στη δυτική πτέρυγα του ανακτόρου. Μετά από μια καταστροφή του χώρου γύρω στα 1600 π.Χ., τα αντικείμενα τοποθετήθηκαν ως κειμήλια σε κιβωτιόσχημους λάκκους στο θησαυροφυλάκιο του ιερού, οι οποίοι σφραγίστηκαν πριν την ανοικοδόμηση και εκ νέου χρήση του ιερού στην επόμενη φάση της ιστορίας του. Τα ειδώλια είναι φτιαγμένα από επιζωγραφισμένη φαγεντιανή. Τα διάφορα τμήματά τους είχαν κατασκευασθεί χωριστά σε μήτρες και είχαν ενωθεί με σύρματα. Οι γυναικείες μορφές που παριστάνονται ερμηνεύονται ως θεότητες ή ιέρειες. Φορούν το περίτεχνο μινωικό ένδυμα, με τη μακριά φούστα με τις πτυχώσεις, υφαντή ή κεντημένη ποδιά και στενό περικόρμιο που αφήνει το στήθος γυμνό, ενδύματα γνωστά και από άλλες μινωικές παραστάσεις θεοτήτων και ιερειών. Η ονομασία τους οφείλεται στα φίδια που ελίσσονται γύρω από το σώμα και το ψηλό καπέλο που φορά η μεγαλύτερη μορφή, καθώς επίσης στα φίδια που κρατάει στα χέρια της η μικρότερη μορφή. Τα φίδια συμβολίζουν τον χθόνιο χαρακτήρα των μορφών, δηλαδή τη σχέση τους με τον κάτω κόσμο, ενώ το αιλουροειδές στο κεφάλι της μικρότερης μορφής δηλώνει την κυριαρχία της θεότητας στην άγρια φύση. Το σύνολο των αντικειμένων περιλαμβάνει, εκτός από τις «Θεές των Όφεων», πλακίδια από φαγεντιανή με μορφές ζώων, φυτικά σύμβολα, όντα της θάλασσας και αστρικά σύμβολα, στοιχεία που υπογραμμίζουν τις ιδιότητες της Θεάς ως προστάτιδας της φύσης. Το σύνολο συμπληρώνουν ποικίλα ενθέματα ξύλινων σκευών, ομοιώματα ενδυμάτων, μικρογραφικά αγγεία από φαγεντιανή και πολλά μεγάλα αγγεία, ντόπια αλλά και εισηγμένα από τις Κυκλάδες.